新三板交易规则疑问就是缺乏流动性，也是“新三板”缺陷。

不同类型的投资者在需求与风险偏好方面千差万别，客观上，他们存在对风险度较高，同时也具有相应盈利机会的柜台交易品种的有效需求。“新三板”推出后，对参与投资对象的身份及数量上的限制，也令其流动性大打折扣。而要解决这个问题，现在看来至少要在不少方面逐一调整。

新三板是否应该来者不拒，也让这些不具有投资价值的企业来此挂牌？笔者认为，新三板应该只让那些发展前景看好、有投资价值、能够获得投资者青睐的企业来新三板挂牌。如果不具有投资价值的企业太多，那么将影响到这个市场的质量，投资者会减少对这个市场的兴趣。另一方面，让不具有投资价值的企业来此挂牌，企业不但不能融到资，而且还会付出一大笔挂牌费用，得不偿失。

随着挂牌企业数量的增加，新三板的对挂牌企业的监管方式也需要发生变化，对新三板实行分层管理。